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Este Reglamento desarrolla las medidas para el establecimiento del  que Consejo del EEDS tiene funciones estratégicas y de coordinación, entre ellas:
– Coordinar la aplicación del EHDS entre los Estados miembros.
– Garantizar la interoperabilidad entre los sistemas de datos sanitarios de los distintos países.
– Asesorar a la Comisión Europea sobre normas técnicas y organizativas.
– Supervisar el intercambio seguro de datos sanitarios en toda la UE.
– Facilitar la cooperación entre autoridades nacionales de datos sanitarios.

La composición del Consejo integra representantes de la Comisión Europea y dos representantes de cada estado miembro (uno para uso primario y otro para uso secundario de datos)